Au large des îles grecques, un séisme révèle l’entrée d’un temple sous-marin, le Temple de la Lune, où Alexandre le Grand dissimulait ses trésors. Lara Croft y découvre un globe étrange qui contient la carte menant à l’emplacement de la célèbre Boîte de Pandore, renfermant tous les maux de la planète. Lara Croft n’a pas le temps de déchiffrer le globe qu’il tombe entre de mauvaises mains, celles de Jonathan Reiss, ancien prix Nobel de chimie fournissant aujourd’hui des armes biologiques aux tyrans les plus offrants. Les services secrets anglais proposent alors à Lara de récupérer la Boîte de Pandore avant que Reiss ne la retrouve et la vende. Pour effectuer cette mission, Lara exige la libération de son ancien amant, Terry Sheridan, ex agent secret emprisonné pour trahison.