Après avoir brillamment rempli une délicate mission de contre-espionnage à Kiev, Ethan Hunt et ses complices, Claire, Hannah, Jack et Sarah, gagnent Prague pour y recevoir les ordres de leur chef, Jim Phelps. Une nouvelle mission impossible attend l'équipe de choc, rompue à la manipulation, au cambriolage et au travestissement, qui mène depuis des années une guerre acharnée aux trafiquants, criminels et autres dictateurs. Leur cible se nomme Alexandre Golitsyn, un agent double qui s'apprête à dérober, lors d'une soirée à l'ambassade des Etats-Unis, une disquette contenant la liste ultrasecrète des agents américains infiltrés en Europe Centrale...