La Ruche, un immense centre de recherche enseveli sous la terre, fourmille d'activité. Des recherches ultras secrètes ont lieu dans l'aile scientifique, supervisées par des centaines de scientifiques. Alors que tout le monde croit à une autre simulation d'évacuation, l'horreur les rattrape.

Un virus hautement mortel et prolifique se propage à un rythme effréné dans les corridors de la Ruche : en quelques minutes seulement, il pénètre et met un terme à toute forme de vie. Nulle âme survit à la catastrophe.
Alice se réveille dans un somptueux manoir. Elle n'a aucune idée comment elle a pu atterrir là et compte bien trouver la réponse à son amnésie. Malgré la grandeur des lieux, personne ne semble les habiter -- étrange. Elle tombe finalement sur la présence de Matt, un policier, qui ne sait pas plus qu'elle ce qui se passe dans cette ville. Avant qu'ils n'aient pu trouver une explication logique à tout ce silence, un groupe formé de 12 commandos débarque de nulle part et les oblige à les suivre.

Ils ont reçu l'ordre d'infiltrer la Ruche et de neutraliser la Reine rouge, le superordinateur devenu fou que l'on tient pour responsable du désastre. L'aspect macabre qui hante les corridors sombres de la Ruche frappe par son caractère inhabituel. Même si les commandos savent qu'aucun scientifique n'a survécu au virus, une présence se fait sentir de part et d'autre. Le temps presse et les présomptions doivent être reportées à plus tard : si le virus n'est pas isolé dans les trois heures, il pourrait bien annihiler toute vie sur Terre.

Ce n'est qu'une fois encerclés qu'ils découvrent l'effet secondaire invraisemblable du virus : des hordes de zombies se rabattent sur eux...