Amakusa Shiro, qui a été tué durant la guerre de Shimabara, apparaît mystérieusement dans l'ère pacifique de Edo. Il a appris le sort magique interdit de résurrection, qui a le pouvoir de ramener les morts à la vie. Il a ramené avec lui tous les plus fameux samouraïs morts pour servir dans son armée. Shiro tente de renverser le gouvernement de Tokugawa Iemitsu, mais Yagyu Jubei se dresse contre lui. Jubei arrive à défaire les hommes de Shiro, avant d'avoir à faire à son propre père, Yagyu Tajimano-kami, qui est lui aussi un des soldats de Shiro...